Cómo se hizo cargo Delta

La variante Delta representa el 90% de los nuevos casos de Covid-19 en el Reino Unido. Los científicos temen que no se controle su propagación global

Todos los días, una pequeña flotilla de camiones refrigerados llega al Instituto Wellcome Sanger en la zona rural de Cambridgeshire para entregar los desechos de miles de pruebas de PCR en todo el país a un pequeño equipo de científicos dedicados y altamente capacitados.

Este es el latido del corazón del sistema de vigilancia Covid-19 en el Reino Unido, que utiliza muestras de tampón de PCR para realizar la secuenciación del genoma. ¿Su propósito? Supervisar el crecimiento y la difusión de nuevas variantes. Esta información se puede utilizar para identificar cómo evoluciona el virus a medida que se mueve a través de la población y reúne mutaciones que le permiten adaptarse a las células humanas.

En el último mes, la rápida propagación de la denominada variante Delta, también conocida como cepa B.1.617.2 del SARS-CoV-2, la forma más virulenta y transmisible del virus que ha aparecido hasta ahora, ha supuesto una actividad de seguimiento. .Nunca ha sido más vital. “En este momento estamos secuenciando unos 4.000 genomas al día”, dice Jeffrey Barrett, director de la Iniciativa de Genómica Covid-19 en el Instituto Wellcome Sanger, que dirige la operación. “Porque el número de casos en el Reino Unido está aumentando”.

La variante Delta ahora se ha establecido como la cepa dominante en el Reino Unido. Actualmente representa el 90% de los casos nuevos de Covid-19 en el Reino Unido, con estudios que sugieren que es un 60% más transmisible que Alpha, que en sí mismo era un 50% más transmisible que la cepa original de Wuhan. Esta infectividad ya ha precipitado la aparición de una tercera ola, con el número de casos diarios de Covid-19 en el Reino Unido superando los 9.000 el miércoles pasado, por primera vez desde febrero.

Aunque se cree que Delta apareció por primera vez en India el otoño pasado, antes de llegar al Reino Unido a fines de marzo, su tasa de propagación y potencia en los últimos meses ha tomado a la comunidad científica con la guardia baja. Barrett reconoce que la mayoría de los científicos genómicos, incluidos los del Instituto Wellcome Sanger, anticiparon la próxima variante “súper extendida” como una nueva evolución de Alpha, o Kent, una variante que apareció en el sureste de Inglaterra en septiembre de 2020 “. Pero, de hecho, la siguiente cosa preocupante no fue Alpha en absoluto ”, dice Barrett. “Fue este antepasado del Delta, que viajó bastante por la India, un lugar que no tenía muy buena vigilancia genómica y no lo vi venir”.

De hecho, cuando los científicos identificaron por primera vez que hay tres nuevas cepas de SARS-CoV-2 en la India, conocidas como B.1.617.1, B.1.617.2 y B.1.617.3, empezaron a preocuparse y a B. 1.617.2 o Delta no fue originalmente el foco principal. “En marzo y abril, Delta fue la cepa dominante en India, pero tomó tiempo despegar y crecer realmente en el Reino Unido”, dice Barrett. “Todo el mundo se centró inicialmente en B.1.617.1, porque las mutaciones en ese parecían un poco más preocupantes, pero eso ya no existe”.

Entonces, ¿por qué Delta se hizo cargo tan rápido? Yatish Turakhia, científico genómico de la Universidad de California, Santa Cruz, explica que Delta contiene 20 mutaciones diferentes en comparación con la cepa original de SARS-CoV-2. Sin embargo, hay siete adaptaciones particularmente importantes en las proteínas de pico fúngico del virus, que se adhieren a las células humanas y conducen a una mayor transmisibilidad. Se cree que estas mutaciones en las proteínas máximas aumentan la cercanía con la que el virus se une a la proteína del receptor ACE2, el ojo de la cerradura que usa para invadir las células, además de permitir que más de su material genético penetre en el interior.

“Puede pensar en cómo el virus ingresa a las células como un mecanismo de bloqueo”, dice Turakhia. “Entonces, cuando ocurren algunas de estas mutaciones, significa que la llave encaja mejor en la cerradura, lo que significa que puede hacer una entrada más eficiente en la celda”.

Ya se han observado dos de las mutaciones de la proteína espiga en otras variantes. Uno, en la ubicación 681 de la proteína de pico, también está presente en la variante Alfa, mientras que la mutación en la ubicación 452 se observó en cepas virales encontradas en California. Pero los otros cinco son completamente nuevos y los científicos están tratando de averiguar cuál es su función biológica. “Delta juega el mismo truco que las otras variantes, agarrando las células humanas con un poco más de fuerza, pero usando mutaciones que no hemos visto antes”, dice Barrett. Su equipo en el Instituto Wellcome Sanger todavía está descubriendo la función precisa de todas estas nuevas mutaciones, pero cree que algunas de ellas cambian la forma de la proteína de pico de una manera que beneficia al virus.

Los científicos tienen prisa por comprender las mutaciones. Además de ser más transmisible, parece haber evidencia de que Delta es más virulenta que las cepas anteriores. Si bien la cepa original de SARS-CoV-2 ha afectado predominantemente a las personas mayores y a las personas con problemas de salud subyacentes, Delta parece amenazar incluso a los jóvenes y en forma.

El último informe de Health Public England, que cubre la vigilancia de Delta hasta el 3 de junio, mostró que la mayoría de los casos nuevos de Covid-19 se encuentran en segmentos de la población más jóvenes y no vacunados. En Escocia, un análisis publicado en The Lancet sobre las hospitalizaciones entre el 1 de abril y el 6 de junio sugiere que Delta causó el doble de hospitalizaciones que Alpha. Esto ha llevado a preguntas sobre la política fronteriza del Reino Unido, que algunos, incluido el líder laborista Keir Starmer, culpan de facilitar la expansión del delta indio al Reino Unido. Según la Autoridad de Aviación Civil, unas 42,406 personas viajaron entre India y el Reino Unido en abril.

Barrett dice que hay varias hipótesis sobre exactamente cómo las mutaciones Delta la hicieron más infecciosa. Una es que cada tos o respiración contiene varios virus, porque la variante tuvo más éxito en la reproducción en células humanas. La otra es que las personas infectadas podrían transmitir el virus en vivo durante un período de tiempo más largo. “Todo esto lo haría más transmisible y significaría que hay más virus ingresando a las personas, lo que resultaría en una enfermedad más grave”, dice.

También hay algunas sugerencias de que Delta puede haber cambiado los síntomas ampliamente aceptados de Covid-19, lo que significa que las personas van más allá antes de darse cuenta de que tienen el virus. Si bien las personas han aprendido a asociar los síntomas de fiebre y pérdida del olfato y el gusto con Covid-19, el análisis inicial del Estudio de síntomas ZOE COVID sugiere que los dolores de cabeza, secreción nasal y dolor de garganta tienden a ser síntomas tempranos de Delta.

“Podría ser crítico”, dice Barrett. “Si las personas tienen dolor de cabeza o secreción nasal, probablemente piensen inicialmente que es un resfriado o alergias, en lugar de Covid-19. Y si, en promedio, pasan uno o dos días más en circulación con el resto de la población antes de aislarse, esto conducirá a contagiarse ”.

El auge del Delta ha llevado al gobierno de Boris Johnson a tomar dos pasos, uno es el aplazamiento del “Día de la Libertad”, que marca el final de las restricciones de salud pública del Reino Unido, y la aceleración del lanzamiento de la vacuna. El NHS ha anunciado que todas las personas mayores de 18 años podrán reservar un programa de vacunación al final de la semana.

Las vacunas siguen siendo una forma de protección extremadamente eficaz contra Delta, aunque sus mutaciones han hecho una pequeña incursión en su eficacia. Se ha demostrado que la vacuna Pfizer-BioNTech tiene una eficacia del 88% en la prevención de la enfermedad Delta sintomática en individuos completamente vacunados, una ligera reducción de su eficacia del 93% contra Alpha. Pero después de una sola dosis, la vacuna tiene solo un 33% de efectividad contra Delta, en comparación con el 51% contra Alpha.

Una razón de esto es que, aunque las vacunas todavía generan inmunidad de células T eficaz contra Delta, parecen inducir concentraciones más bajas de anticuerpos protectores. “Algunas de estas mutaciones podrían significar que los anticuerpos producidos por la vacuna ya no tienen la forma correcta”, dice Barrett. “Así que, básicamente, no se adhieren al virus y el virus puede atravesarlos mejor y entrar en las células”.

Pero si bien la población del Reino Unido está protegida de los peores efectos del Delta a través de la efectividad de su programa nacional de vacunación, existen crecientes temores de que Delta pueda desencadenar importantes aumentos en la tasa de mortalidad de Covid-19 en otros meses del mundo en los próximos meses. .meses. Además de ser la opción dominante en India y Singapur, ya ha llegado a más de 70 países. Representa el seis por ciento de los casos en los EE. UU., Pero esa cifra es de hasta el 18 por ciento en algunos estados y, aunque Delta está bien monitoreada en el Reino Unido, que tiene uno de los sistemas de identificación de variantes más eficientes del mundo. capaz de seguirlo en la misma medida, lo que significa que puede ganar más y más, inadvertido, en otras partes del mundo.

Mientras tanto, mientras los científicos todavía están tratando de comprender las complejidades del Delta, también están buscando la próxima gran opción. La preocupación es una variante que afecta seriamente la efectividad de las vacunas. “Es difícil hacer predicciones”, dice Nathaniel Landau, profesor de microbiología en la Facultad de Medicina de la NYU, que está estudiando las nuevas variantes. “La pregunta es si el virus seguirá apareciendo con estas nuevas mutaciones o si llegaremos a puntos de saturación, donde el virus ha desarrollado todas las mutaciones que puede”.

Sin embargo, hay indicios de que el SARS-CoV-2 aún puede tener algunos trucos evolutivos bajo la manga. Barrett señala que ya existe una nueva forma de Delta, que agrega una mutación llamada K417N que se encontró originalmente en Beta o Sudáfrica y que reduce aún más la unión de anticuerpos. Aunque hasta ahora hay muy pocos casos de esta variante, se supervisa de cerca.

“Seguimos haciendo todas estas secuencias del genoma para, con suerte, detectar estas cosas lo antes posible”, dice. “Realizamos análisis para todos los 100.000 genomas que hemos generado en los últimos dos meses, para ver qué mutaciones están ocurriendo y actualizar esto todos los días para buscar patrones que puedan predecir una variante en crecimiento y que se vuelva realmente problemática. Pero hacer estas predicciones es más fácil decirlo que hacerlo, porque el virus sigue sorprendiéndonos “.

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